工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的典型工藝和裝備是以物理過濾結(jié)合生物過濾為主體，對(duì)養(yǎng)殖水體進(jìn)行深度凈化，并集成了水質(zhì)自動(dòng)監(jiān)控系統(tǒng)，實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)并調(diào)控養(yǎng)殖水體質(zhì)量并可追溯。該系統(tǒng)具有工藝技術(shù)完善、水處理效果好、水質(zhì)狀況穩(wěn)定、生產(chǎn)操作舒適、設(shè)備維護(hù)簡便、運(yùn)行成本低、系統(tǒng)投資省等優(yōu)點(diǎn)。這是一套簡潔有效的工藝技術(shù)路線：魚池出水自流進(jìn)入微濾機(jī)池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質(zhì)，經(jīng)水泵提升進(jìn)入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對(duì)水體中的氨氮進(jìn)行降解，凈化后的水自流回魚池。

高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運(yùn)行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護(hù)、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測(cè)和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運(yùn)行是多學(xué)科知識(shí)的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對(duì)循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運(yùn)行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運(yùn)行管理。較高的進(jìn)入門檻也進(jìn)一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。

20世紀(jì)90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟(jì)性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質(zhì)量高等優(yōu)點(diǎn)，適應(yīng)了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質(zhì)條件要求高的特點(diǎn)，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應(yīng)用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質(zhì)水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題?！熬盼濉币詠?，國家有關(guān)科研計(jì)劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。